Three Hopes asetseb samas universumis kui Three Houses; kuigi algse mängu tegelased ja loo elemendid (sealhulgas Cindered Shadows DLC) on tugevalt esindatud, toimub see alternatiivsel ajajoonel ja selle peategelaseks on uus tegelane nimega Shez. Mängus Three Hopes astub Shez, palgasõdur, kelle meeskonda Byleth lahingus hävitas, Garreg Machi kloostri sõjalisse akadeemiasse ja saab õpilaseks ühes kolmest klassist, millest igaühes on õpilased ühest Fódlani kontinendi kolmest rahvusest. Nagu ka mängus Three Houses, lubab mängijad ise otsustada, millise klassiga liituda, mis toob kaasa erinevad loojanguteed ja mängitavad tegelased.